Ada empat organisasi yang ada di tengah siswa Perguruan Islam MathaIi’ul Falah (PIM). Yaitu Himpunan Siswa Mathali’ul Falah (HSM), Himpunan Siswa Mathali’ul Falah Putri (HISMAWATI), Qismun Nasyath (QNS) Putra dan Qismun Nasyath (QNS) Putri.

Organisasi-organisasi ini didirikan untuk meningkatkan wawasan berorganisasi, yaitu sebagai “kawah candradimuko” wadah pendadaran kemampuan berorganisasi siswa-siswi PIM, sehingga ketika mereka kembali ke masyarakat nanti, mereka bisa cepat beradaptasi dan beraktualisasi di tengah masyarakat untuk menyebarkan ilmu yang didapatkan di PIM dan mengembangkan potensi yang ada di masyarakat secara maksimal, karena dakwah bil lisan (verbal) dikombinasikan dengan dakwah bil hal (keteladanan) adalah kekuatan efektif dalam melakukan proses transformasi sosial. Dua organisasi terakhir (QNS) adalah organisasi siswa yang menggunakan bahasa arab, sebagai wujud realisasi pengembangan bahasa arab di kalangan siswa.

Diantara kegiatan-kegiatan organisasi tersebut adalah:

1. Pembuatan Majalah

Selain sebagai wahana ekspresi kreatifitas dan sarana komunikasi antar siswa, majalah juga bisa digunakan untuk mengarahkan siswa agar cakap dan trampil di bidang jurnalistik, merangsang kreatifitas siswa dalam menampilkan karya tulis ilmiyah, mendorong siswa untuk gemar membaca, melatih siswa dalam bidang manajemen keuangan maupun waktu, sehingga keberadaan anak dimanapun saja pada masa-masa selanjutnya senantiasa membawa manfaat bagi manusia lain. Karena itu keberadaan majalah sangat penting untuk membantu proses pendidikan siswa-siswi. Ada empat majalah yang dibuat dan diterbitkan oleh siswa-siswi PIM yaitu; majalah Amanat (dibuat oleh HSM), majalah Ukhuwwah (dibuat oleh Hismawati), majalah Attibyan (dibuat oleh QNS Putra), dan majalah Annahdliyyah (dibuat oleh QNS Putri).

2. Kursus dan Pelatihan

Untuk mempertajam pemahaman, memberikan kecakapan dan ketrampilan pada siswa dalam bidang-bidang tertentu sering diadakan kegiatan kursus dan pelatihan. Melihat nilai manfaat yang besar dari kegiatan ini, maka kegiatan ini diagendakan rutin setiap tahun.

3. Diskusi dan Munadhoroh

Kegiatan diskusi dan munadhoroh merupakan kegiatan untuk bertukar-pikiran di kalangan siswa-siswi PIM atau antar siswa PIM dengan siswa-siswa dari luar PIM, dengan menggunakan bahasa Indonesia maupun bahasa Arab. Narasumber yang dihadirkan biasanya berasal dari lingkungan PIM sendiri maupun dari luar PIM.

Kegiatan ini dimaksudkan untuk mengarahkan peserta didik kritis dalam mensikapi permasalahan yang dijumpai, mengembangkan wawasan keilmuan serta memupuk dan memelihara solidaritas sosial.

4. Bursa Buku

Bursa buku merupakan wahana untuk membuka wawasan siswa-siswi PIM dengan memperkenalkannya pada berbagai macam literatur dan disiplin ilmu, disamping sebagai ajang pengenalan dan pemahaman siswa-siswi terhadap konsep dan teori tata usaha, ketrampilan mandiri, ketrampilan mengelola manajemen, ketrampilan pemasaran, dan lain sebagainya.

5. Drum Band

Drum band merupakan salah satu kegiatan yang bertujuan untuk menanamkan dan mengembangkan cita rasa keindahan dan ketrampilan gerak tubuh serta menumbuhkan kreatifitas, kedisiplinan, sikap bertanggung jawab terhadap korp, almamater dan masyarakat.

6. Bantuan Sosial

Kegiatan ini dimaksudkan untuk menanamkan sikap peduli siswa PIM tehadap lingkungan sehingga mampu hidup harmonis di tengah-tengah masyarakat. Kegiatan ini berupa pemberian bantuan pada masyarakat, baik bantuan moral maupun material.

7. Musyawarah Sughro dan Kubro

Musyawarah sughro dan kubro merupakan bentuk kegiatan tukar pikiran untuk memecahkan suatu masalah dari sudut pandang agama. Kegiatan ini terjadi dalam lingkup internal PIM saja (sughro) dan juga melibatkan pihak-pihak luar Perguruan Islam Mathali’ul Falah (kubro). Kegiatan ini dimaksudkan untuk menambah pengetahuan dan wawasan keilmuan siswa, meningkatkan daya kritis ketika menghadapai persoalan, serta cara-cara yang benar dalam mencari solusi terhadap sebuah permasalahan.

8. Taman Gizi

Kegiatan taman gizi merupakan kegiatan yang dimaksudkan untuk memberikan kecakapan dan ketrampilan kepada para siswi PIM agar mampu melakukan pengelolaan urusan gizi bagi kepentingan anak balita, serta memiliki kepedulian terhadap ikhtiar meningkatkan kwalitas anak balita, baik dari segi pertumbuhan fisik, psikis, maupun spiritual. Kegiatan ini adalah ajang latihan bagi siswi dan sekaligus santunan sosial dalm urusan gizi yang diarahkan pada kepentingan ibu dan anak balita, karena bekerja sama dan melibatkan warga setempat.

9. Mudhoharoh dan Khitobah Arabiyah

Mudhoharoh adalah kegiatan demonstrasi bahasa arab, sementara khitobah arabiyah adalah pidato dengan menggunakan bahasa arab. Kegiatan ini dimaksudkan untuk mengembangkan kemampuan siswa dalam ketrampilan berbahasa arab.

10. Olah Raga

Olah raga merupakan kegiatan yang bertujuan untuk menjaga kesehatan, pertumbuhan dan perkembangan jasmani, mental, emosional yang serasi dan seimbang. Olah raga yang sering diadakan antara lain; sepak bola, volly ball, bulu tangkis, tenis meja dan atletik.