1. LPBA

Lembaga Pengembangan Bahasa Asing (LPBA) adalah sebuah lembaga yang bertujuan untuk mengembangkan bahasa asing di lingkungan siswa dan guru sehingga bisa menjadi penunjang bagi pemahaman, pendalaman, dan penghayatan ilmu-ilmu islam dari sumber aslinya. Untuk mencapai tujuan tersebut, cara-cara yang ditempuh antara lain; mengadakan penataran bahasa Arab dan Inggris bagi para guru, menyusun dan menerbitkan buku pegangan bahasa Arab-Inggris, melaksanakan kursus bahasa Arab-Inggris secara intensif, dan membina organisasi bahasa Asing siswa.

 2. MedCom

Lembaga ini adalah sebuah lembaga yang bertujuan untuk mengembangkan bahasa inggris di lingkungan siswa. Hal ini adalah sebagai salah satu upaya PIM untuk membekali siswa ketrampilan berbahasa asing, sehinga ia mudah untuk berkomunikasi dan beradaptasi di tengah keadaan zaman terus berkembang. Apalagi bahasa inggris merupakan bahasa internasional yang penggunaannya sudah begitu luas di kalangan masyarakat.

3. P3H

Panitia Pelaksana Penyemaan Hafalan (P3H) adalah sebuah lembaga yang khusus menangani hafalan. Lembaga ini dibentuk untuk mengawal program hafalan yang berada di Perguruan Islam Mathali’ul Falah, sehingga program hafalan bisa berjalan sesuai dengan target dan tujuan yang diharapkan. Kegiatan-kegiatan P3H ini meliputi; bimbingan hafalan, test penyemaan hafalan secara umum, dan evaluasi hasil hafalan.

4. Panitia Ujian

Panitia ujian adalah sebuah lembaga yang mengelola pelaksanaan ujian, test kitab, dan test alqur’an yang diselenggarakan PIM. Lembaga ini bertujuan untuk mengatur mekanisme test dan ujian sehingga dapat menunjang keberhasilan proses pembelajaran. Kegiatan-kegiatan lembaga ini meliputi; ujian persamaan, ujian masuk, ujian catur wulan, ujian akhir, ujian her/ulang, test kitab, dan test alqur’an.

5. Tim KTA

Tim ini dibentuk untuk mengawal kelangsungan dan keberhasilan program KTA, yaitu dengan memberikan arahan dan bimbingan sistematika penulisan karya tulis berdasarkan kaidah-kaidah yang berlaku, serta penunjukan musyrif pembimbing penulisan KTA bagi setiap siswa.

6. Lajnah Qobul wa al Tarsyih

Lembaga ini merupakan lembaga yang berkepentingan untuk mengatur mekanisme pengiriman siswa dan calon mahasiswa untuk belajar ke luar negeri dan universitas dalam negeri, serta mengupayakan beasiswa bagi mereka. Lembaga ini diharapkan dapat menjadi motivator dalam peningkatan prestasi belajar dan pengembangan keilmuan pada jenjang yang lebih tinggi. Kegiatan lembaga ini meliputi; pengusahaan beasiswa, penyaringan calon siswa, pengusahaan dokumen-dokumen pemberangkatan, dan pemberangkatan siswa ke luar negeri.